深圳清华大学研究院是深圳市政府和清华大学于1996年12月共建的、以企业化方式运作的事业单位。研究院坐落于深圳市南山区高新技术产业园南区。

20世纪90年代初期，支撑深圳经济发展的加工贸易业出现严重滑坡，促使深圳市践行创新发展战略，寻找科技资源以支撑高新技术产业发展，力求突破技术缺乏、人才缺乏的制约；同一时期，国务院提出了“科技工作面向国民经济主战场”的口号，号召强化技术开发和推广，加速科技成果商品化、产业化的进程。为了在高校和企业之间、科研成果和市场产品之间建设桥梁，清华大学与深圳市政府创建了深圳清华大学研究院，其战略目标为“服务于清华大学的科技成果转化、服务于深圳的社会经济发展”，从此开启了中国新型科研机构的崭新探索。